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La cepa Chardonnay es originaria del viñedo de Borgoña, y más precisamente de los alrededores del pueblo de Chardonnay donde ya se menciona el cultivo de la vid en el siglo X. Si el nombre romano del pueblo era Cardonacum (un lugar donde crece cardos, chardon en francés), este evolucionó en Chardonay y la cepa se conocía como Chardenet, Chaudenet o Chardenay hasta que el Congreso de Ampelografía de Chalon-
Unos estudios científicos recientes han permitido establecer la genética del Chardonnay como el resultado del cruce por polinización entre el Pinot noir y el ya desparecido Gouais blanc, unas cepas más antiguas que existían en Borgoña antes del Chardonnay.
Otra versión del origen de éste vino fruto de la investigación histórica, muestra que el nombre del vino blanco es de viñas de las colinas de Jerusalén y que se trata de aquellas que crecen principalmente en suelos de piedra caliza y arcilla, al igual que en esa región. La verdadera fuente del nombre del vino "Chardonnay" tiene su origen del vino blanco de la lengua hebrea y no de la francesa.
Los primeros en llevar el vino blanco a Francia fueron los cruzados de Palestina quienes llevaron con ellos el vino (y las semillas) cuyo nombre original en francés es "Porte de Dieu", que significa "Puerta de Dios" que es la traducción del nombre hebreo "Shaar-
Cuando escuchamos en francés el nombre del vino en hebreo "Sha'har-